Κρίνοντας ότι ο υπουργός Υγείας υπερέβη τις αρμοδιότητές του το Συμβούλιο της Επικρατείας ακύρωσε ως παράνομη την απόφαση του Δημήτρη Αβραμόπουλου για την παύση του Διοικητικού Συμβουλίου του Πανελλήνιου Ιατρικού Συλλόγου και το διορισμό διοικούσας επιτροπής.
Με τη σχετική απόφαση του υπουργού Υγείας που εκδόθηκε το Μάρτιο του 2009 παύθηκε το Διοικητικό Συμβούλιο που είχε αναδειχθεί στις εκλογές της 8ης Φεβρουαρίου. Η διοικούσα επιτροπή που διορίστηκε ανέλαβε τα καθήκοντα του παυθέντος Διοικητικού Συμβουλίου και τη διαδικασία για τη διενέργεια νέων εκλογών μέσα σε ένα εξάμηνο.
Το εξάμηνο, με νέα πρόσφατη απόφαση του υπουργού Υγείας, παρατάθηκε.
Σύμφωνα με το Γ' Τμήμα του Συμβουλίου της Επικρατείας, η απόφαση του υπουργού Υγείας ακυρώθηκε καθώς κρίθηκε ότι ο υπουργός Υγείας, σύμφωνα με το συνταγματικό και νομοθετικό πλαίσιο, δεν έχει αρμοδιότητα να ελέγξει τη διαδικασία ανάδειξης και λειτουργίας του ΠΙΣ και των άλλων Ιατρικών Συλλόγων.
Ο υπουργός Υγείας έχει μόνο τη δυνατότητα να ελέγχει τη νομιμότητα «των πράξεων των οργάνων διοίκησής τους». Δηλαδή, μπορεί να ελέγχει μόνο τη νομιμότητα της διαδικασίας συγκροτήσεως σε σώμα του ΔΣ.Α
Αναφέρεται ακόμη στην απόφαση του ΣτΕ ότι ο υπουργός Υγείας υπερέβη τις αρμοδιότητές του, προβαίνοντας σε «ουσιαστική εκτίμηση των συνθηκών αναδείξεως του νέου Δοικητικού Συμβουλίου του ΠΙΣ, αποφαινόμενος ότι παρακωλύεται η ομαλή λειτουργία του ΠΙΣ και ότι δεν εκπληρώνονται οι σκοποί αυτού με την υφιστάμενη συγκρότηση του Διοικητικού του Συμβουλίου».
