Από το 1791 και μετά, ημερομηνία του θανάτου του Μότσαρτ, διάφορες θεωρίες έχουν δει το φως της δημοσιότητας όσον αφορά τα αίτια του θανάτου του. Οι φήμες και οι συζητήσεις κατά καιρούς άλλαζαν θεματολογία, από δολοφονία με δηλητήριο έως ρευματικό πυρετό και πάθηση που προέρχεται από το ωμό χοιρινό.
Ερευνητές του πανεπιστημίου του Άμστερνταμ αναφέρουν ότι οι μέχρι τώρα έρευνες για το θάνατο του γινόντουσαν με αβάσιμα στοιχεία. Στην δική τους έρευνα χρησιμοποίησαν επίσημα έγγραφα από τη Βιέννη του 1971 που δίνουν περισσότερο κύρος και ρίχνουν φως στα αίτια θανάτου. Συγκεκριμένα ο ερευνητής Ρίτσαρντ Ζέγκερς αναφέρει στο Reuters πως “τα ευρήματα δείχνουν ότι ο Μότσαρτ ήταν ένα από τα θύματα επιδημίας που θέριζε τη Βιέννη τον μήνα που πέθανε”. Η επιδημία αυτή φαίνεται να ξεκίνησε από το στρατιωτικό νοσοκομείο της πόλης.
Αυτόπτες μάρτυρες απο το περιβάλλον του Μότσαρτ αναφέρουν ότι “είχε φλεγμονώδη πυρετό” που μπορεί να συνδεθεί με τον στρεπτόκοκκο καθώς και πρήξιμο, πόνους στην μέση και εξανθήματα προς το τελικό στάδιο της ασθένειας του. Όλα τα παραπάνω είναι συμπτώματα μόλυνσης από στρεπτόκοκκο ή ίσως οστρακιάς που προέρχεται από το ίδιο βακτήριο του στρεπτόκοκκου αν και είναι λιγότερο πιθανό αυτό το ενδεχόμενο καθώς στην οστρακιά τα εξανθήματα εμφανίζονται από την αρχή της πάθησης.
