Τα ειδικά καθεστώτα Φ.Π.Α είναι τα εξής:
- άρθρο 35.α: Παροχή ηλεκτρονικών υπηρεσιών από υποκείμενους εγκατεστημένους σε Τρίτη χώρα, προς μη υποκείμενους στο φόρο εγκατεστημένους εντός της Κοινότητας.
- άρθρο 39: Μικρές επιχειρήσεις
- άρθρο 39.α: Ανακυκλώσιμα απορρίμματα
- άρθρο 40: Κατ’ αποκοπή καταβολή του φόρου (με βάση το άρθρο αυτό έχουν ορισθεί ετήσια κατ’ αποκοπή ποσά Φ.Π.Α. για τους εκμεταλλευτές ΤΑΞΙ και τους εκμεταλλευτές σκαφών παράκτιας αλιείας μέχρι 12 μέτρα - βλ. σχετ. ερωτ. 26 και 27 κατωτέρω)
- άρθρο 41 - 42: Αγρότες
- άρθρο 43: Πρακτορεία ταξιδιών
- άρθρο 44: Βιομηχανοποιημένα καπνά
- άρθρο 45: Μεταπωλητές μεταχειρισμένων αγαθών και αντικειμένων καλλιτεχνικής αξίας
- άρθρο 46: Πωλήσεις σε δημοπρασία
- άρθρο 47: Επενδυτικός χρυσός
Με τα ίδια άρθρα ορίζονται και οι όροι και οι προϋποθέσεις ένταξης στα ειδικά αυτά καθεστώτα, καθώς ειδικές διαδικασίες που πρέπει να εφαρμόζουν οι υποκείμενοι στο φόρο που εντάσσονται στα καθεστώτα αυτά.